El Parque Nacional Mirador-Río Azul y Biotopo Protegido Naachtun-Dos Lagunas forman el corazón de las áreas protegidas de la Selva Maya, proveyendo de conectividad para el flujo de fauna, flora y material genético entre México, Belice y Guatemala. Debido a su posición geográfica entre los bosques tropicales altos y húmedos de Petén y los bosques subtropicales bajos y xéricos de Yucatán, el área contiene rasgos propios de ambas ecoregiones. El área representa el límite sur de muchas especies con afinidad a Yucatán, y el límite norte de especies de los bosque húmedos de Guatemala.
Este Parque constituye un hábitat muy importante para jaguar y pecarí labios blancos, dos de las especies de paisaje del Programa para Guatemala de WCS. WCS ha realizado estimaciones de abundancia de jaguares en las zona oeste del Parque en el área de Mirador, en el área central del Parque correspondiente al Biotopo Naachtún y en el área de Río Azul. Se ha encontrado que estas áreas mantienen una población importante de jaguares, pero además son hábitat de una gran diversidad de fauna como venado cola blanca, pecarí labios blancos, puma, tapir, tepezcuintle y cabrito. WCS también ha realizado estudios sobre comportamiento, salud y ecología del pecarí labios blancos, específicamente en la zona de Río Azul. Este Parque es un hábitat muy importante para ambas especies, debido a su tamaño, ubicación geográfica y nivel de protección actual, que por su lejanía de poblados humanos registra baja amenaza de cacería y pérdida de hábitat.
El Parque tiene además una gran importancia cultural, al albergar sitios arqueológicos mayores de la cultura Maya como Mirador, Nakbé y Naachtun, y menores como La Muerta, La Muralla y La Vitrola. Además posee muestras de sistemas agrícolas prehispánicos, sistemas prehispánicos de captación de agua, y calzadas intersitios e intrasitios. (Información tomada del Plan Maestro 2009-2013 del Parque Nacional Mirador Río Azul y Biotopo Protegido Naachtun-Dos Lagunas)
Desafíos de conservación
Se considera que la ameneza principal para el Parque es la construcción o mejoras de carreteras sin control, escencialmente debido a los efectos colaterales de proporcionar un acceso fácil sin ningún control, generando invasiones, avance de la frontera agrícola y ganadería, extracción ilegal de madera, cacería, saqueo arqueológico y pérdida de gobernabilidad, como ha ocurrido en otras partes de la Reserva. Un estudio reciente que analizó los impactos de la posible construcción de cuatro tramos carreteros abiertos ubicados al noreste de la RBM estimó para el año 2025 que la deforestación aumentaría en 2,978.7 km² y 2,894.4 km² para dos de los tramos, y se provocaría la pérdida de US$ 33.9 millones y US$6.4 millones para estos dos trampos respectivamente.
Las invasiones facilitadas por carreteras son las segunda amenaza más importante del Parque. La cacería cinegética para propósitos de subsistencia pero especialmente para venta a restaurantes es otra amenaza a la biodiversidad del Parque, especies como pecarí labios blancos (Tayassu pecari), tepezcuintle (Agouti paca), venado cola blanca (Odocoileus virginianus), cabrito (Mazama americana) y aves terrestres entre otros, son especies frecuentemente cazadas. Esta cacería está ligada a fácil acceso y falta de control territorial.
Finalmente los saqueos de los sitos arqueológicos y el turismo no controlado debido a el poco control y vigilancia y el tamaño del área son uno de los retos en los que se está trabajando fuertemente para evitar la pérdida de los recursos culturales del Parque. (Información tomada del Plan Maestro 2009-2013 del Parque Nacional Mirador Río Azul y Biotopo Protegido Naachtun-Dos Lagunas)